2020年1月25日，首批衡阳援鄂医疗队出发，刘军作为队长带领援鄂医疗队在当地卫健部门的安排下，在黄冈开展新冠肺炎患者的医疗及护理工作。进入黄冈后，刘军始终坚持“冲”在疫情最前沿，用一次次勇毅逆行的背影感染着身边每一位医疗队员。 

　　2020年1月29日，衡阳援鄂医疗队转战黄冈市中心医院大别山区域医疗中心。刘军勇挑重担，带领医疗队员，用最快速度开辟出新的病区。12个小时内，他们从黄冈市惠民医院安全转诊了54名新冠肺炎确诊患者，包括9名重症及3名危重症患者。在隔离病房，每一分钟都面临病毒的危险，特别是气管插管、采集咽拭子这些高危操作，必须慎之又慎。刘军凭借精湛的医疗技术，与医护人员一起完成了一例例高危医疗操作，治疗效果明显。在刘军的带领下，他管辖区域患者全部出院，圆满交出了一份医务人员零感染、治愈病人零返回、医疗事故零发生的满分答卷。 

　　2020年9月8日上午，全国抗击新冠肺炎疫情表彰大会在人民大会堂隆重举行。刘军作为全国抗击新冠肺炎疫情先进个人、全国优秀共产党员，现场受到表彰。